纲手回到木叶成为五代目火影后，治愈了佐助。在医院治疗期间，佐助回忆起他在第七班的历程，觉得自己力量太弱小，无法打败鼬，甚至被从前的吊车尾鸣人超过。心情抑郁的他和前来探望他的鸣人在医院进行了一次对决，虽然这次对决被赶来的卡卡西阻止，但佐助却被鸣人螺旋丸的威力所震慑，内心更加不安。
卡卡西在事后劝说佐助不要过于追求力量，但佐助已经积重难返。这时大蛇丸派来的音忍四人组吸引佐助的注意。佐助认识到大蛇丸给予的咒印力量后，决定跟随音忍离开木叶，追随大蛇丸以换取力量。佐助在离村被樱追上。尽管樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强，但佐助的内心却一直充满复仇的决心，身为复仇者的他没办法留在她身边。佐助只是温柔地说声“谢谢”，然后击昏了樱，离开村子。
……
在路上，佐助再次碰到音忍四人组。音忍给佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸处。这时，鸣人等人也开始了营救佐助的任务。最终鸣人在终结之谷追上了佐助。
佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。两人开始战斗，一开始佐助占据上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助在对阵中写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则使用了咒印状态二，变成鹰的形态。
两人各自使出绝招——鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。
第二部开始时，佐助变得更加冷酷，初次见面就用写轮眼震慑住了佐井。他自称斩断了与鸣人的羁绊，全身心地追求力量。