和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。 他没佩戴音忍的护额，身上唯一的标记是一族纹章。与新第七班见面后，佐助毫不留情地攻击了鸣人和樱。
在两年半时间里，佐助的能力产生了飞跃。他使用草薙剑作为武器，并对雷遁忍术进行了各种新开发。由于大蛇丸的影响和自身的努力，佐助完全掌握了控制咒印的力量，瞳力也变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话。
九尾妖狐对佐助的出现感到很吃惊，他说佐助的查克拉简直和以前的宇智波斑一模一样，佐助对九尾所说的事情不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。九尾退却，威胁佐助不要杀死鸣人，否则会后悔。在击倒了所有人后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭，这时大蛇丸和药师兜出现，兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱“晓”的力量，便于他对鼬的复仇，佐助勉强同意，接着三人便消失了。
……
佐助出现在无数个被他打倒的忍者中间，他身上干干净净，一点血也没被溅到，而且那些忍者们都没被给予致命一击，大蛇丸觉得即使是被称为天才的他在当年也没如此实力。这时候的佐助觉得自己已经没什么可从大蛇丸那里学到的了，就在大蛇丸躺床上养病的时候突然对他发起攻击，而早有准备的大蛇丸则现出真身──“白鳞大蛇”，欲夺取佐助的身体。
白鳞大蛇被佐助斩杀后，大蛇丸利用挥发的血液将佐助的意识转移到自己转生的异空间，准备夺取佐助的身体。但佐助的成长超出了大蛇丸的预计，在写轮眼强大的瞳力下，大蛇丸遭到了和当年面对鼬时相同的惨败，他的异空间完全被佐助吞噬了。
在摆脱大蛇丸控制后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。接着两人来到南秘所，说服了具有特殊能力且对佐助抱有爱慕之情的香燐入伙，并释放了所有的囚徒。之后佐助一行人来到北秘所，准备释放咒印力量的源头──重吾。重吾拥有双重性格，平时很和善，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。佐助利用实力震慑住了处于杀人冲动中的重吾，作为君麻吕生前的好友，重吾为了了解君麻吕不惜牺牲生命来换取的佐助究竟是个什么样的人而决定加入。佐助的四人小队正式组成，取名为“蛇”，目的是要杀死鼬，整个世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
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木叶收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务。佐助在搜索鼬的时候遭遇了“晓”的迪达拉和“面具男”。迪达拉一因曾败于同样是宇智波一族的鼬手下，二因佐助杀死了本该由自己杀死的大蛇丸，而对佐助十分不满，主动挑起战斗。经过一番苦战后，二人两败俱伤，最终彻底被激怒的迪达拉自爆身亡。