初代使用木遁术欲再抓击三代目，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。
初代亦使用“黑夜行”{动画为二代所使}，使三代目处于黑暗环境当中，并受其攻击。三代目无可奈何下，决定分出两个影分身，再由两个分身份别对初代及二代目施行禁术尸鬼封尽。
初代及二代目被封印时，对伤害三代目之事表示后悔；而在他们消失后，三代目却惊觉原来是两名音忍─萨克?镫及琴?锤被当作工具、以施行“秽土转生”这种禁术。
这对一向重视生命的三代目来说，实在不可原谅，所以决定杀了这个叛徒。
他召唤金刚如意棒，把大蛇丸手中的草薙剑打飞，接近大蛇丸的情况下再次使用尸鬼封尽；而大蛇丸使出“潜影蛇手”欲缠着三代目，但却缠着了其通灵兽猿魔。
他对大蛇丸称此术不单施术者灵魂会被死神吞噬而死亡，被施术者也要永远活在死神体内受尽折磨。大蛇丸看见死神有点儿害怕，召唤被击飞的草薙剑从后偷袭三代目。
猿魔见状本想握住飞向三代目的剑，但因身体被蛇缠着，当它拿到时已有一半刺穿三代目的身躯。
双方一度僵持不下，大蛇丸不断用剑贯穿三代目的身躯，而三代目亦不断尝试不大蛇丸的灵魂从身躯扯出来。
最后因为三代目自知力量不够，已无力把大蛇丸的灵魂抽出，故决定利用死神把大蛇丸双手废掉，使其永远不能结印以使用忍术。他深信“火之意志”一定会继承下去，所以倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便一睡不起。
他的通灵兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗力、在音忍四人众保护下撤退。
当一众木叶忍者赶到时，他被发现躺在城楼上，带着安详的模样离世。后来他的葬礼由水户门炎及转寝小春所主持，而全村均进入一片哀悼中，下忍们亦纷纷回想起曾跟三代目一起的有趣经历，但想来更觉悲伤，惟有在他陵前献上一朵鲜花，以代表对死者最后的祝福。
在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为**祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，向佐助讲述了他所知道的有关宇智波鼬、宇智波一族和木叶村的一切，在讲述完一切之后，佐助决定守护木叶，于是日斩与其他三位火影一同赶赴前线战斗。
到达战场后，四位火影使用四赤阳阵暂时压制了十尾，开始与十尾人柱力——十几年前的神秘“面具男”宇智波带土战斗。
后来被成为十尾人柱力的宇智波带土用黑球击碎，恢复后救出险些被十尾吸尽查克拉的鸣人。
十尾人柱力带土强大的实力让所有人绝望，此时三代目在鸣人的回忆中看见自己的葬礼以及自己次子阿斯玛的葬礼，感到很内疚。
之后众人恢复斗志，三代目与大蛇丸以及鹰小队的其他成员同神秘漩涡人“阿飞”交战，时隔多年后师徒再度联手抗敌。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。