5月初9日，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）、西营八大王（张献忠）等七股流寇西逃，尽入四川承宣布政使司。
使得明湖广总镇监军：万元吉，率军死守夔州府。
但依旧被流寇们攻陷了夔州府大昌县，还乘船顺着大江（长江）而下，一路炮轰并劫掠沿岸的夔州府首府奉节县、巫山县，等地军民钱粮。
驻守在重庆府的明石柱宣慰使兼二品诏命夫人：秦良玉，亲自率领川军白杆兵北上与明湖广总镇监军合兵，以舟师由夔州府巫山县上三峡。
流寇十三哨连忙过夔门（翟塘峡）由农民军：曹操（罗汝才）殿后，负责对付追击而来的明军，致使沿岸明军们遥望距离太远，只能开炮示威。
流寇们准备渡河西行，但中途被明湖广总镇监军：万元吉、明平贼将军：左良玉、明石柱宣慰使：秦良玉、明四川总镇巡抚：邵捷春，打得汇聚在夔州府奉节县与翟塘卫一带。
本来作战最猛的陕西都指挥使司明军乃是流寇们的克星，再加上所部多有流寇降丁，所以作战起来异常凶猛。
但是明援剿总兵：贺人龙，却因为之前明兵部尚书答应赐给他的「平贼将军」称号，给了左良玉，因此对于兵部的调令，几乎不怎么听从。
使得流寇：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等部从夔州府后山抄掠粮食，明军分守诸隘让流寇们略无所得。
其中明翟塘卫指挥佥事：罗于莘，还主动出击，打败农民军：过天星（惠登相）于夔州府大宁县郑家寨，仅剩下过天星带领百人逃走。
由于流寇们被明军围困，只能往西走过夔州府万县下梁山县，故此明四川总镇总兵：郑嘉栋、明翟塘卫镇抚使：张应元、明夔州府左参将：汪云凤，会通明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，跟在后面追击流寇。
在派明军骑兵先行守住山寨，不让流寇进入，又斩杀了流寇七百人，生擒贼将：自来虎，等七十一人，夺甲仗马骡无数。
流寇就退到马家寨羊桥村四处劫掠，被石砫宣慰使司川军白杆兵趁机围攻住马家寨，复斩流寇七百人，刺死贼将：东山虎。
随后流寇们屯兵在夔州府云阳县谭家坪南北两山，明军分道并进还入山围剿。
吓得南山的流寇们听闻风声后，就拔寨先走了，仅留下北山的流寇们出击与明军交战。
明军以火器在中，士兵在前，迎面而上，流寇们损失惨重，只能以弓箭、火铳反击，不得已退守山巅不动。
但明军依旧分兵绕到山后，前后两军一起围攻，打得流寇们窜走山湖涧道。
原本骑马持火铳射击的明军将领们皆下马，手握兵器进山中杀敌，从龙溪谷追奔流寇四十里地，斩杀流寇四百三十人，导致流寇败走仙寺岭。
5月21日，各路明军会聚在仙寺岭上，以多发速射火器进攻。
神火飞鸦烧毁流寇大营让其混乱，在追上去斩杀一千人，陕西承宣布政使司明军还夺了流寇：曹操（罗汝才）大旗，擒获流寇：老管队、副塌天，部分流寇们开始突围，逃向七箐坎入干溪山中。
次日午时，农民军：曹操（罗汝才）、过天星（惠登相）等流寇以翟塘卫水位上涨，不得渡河，便进犯夔州府奉节县下关城。
此刻明四川总镇巡抚：邵捷春，立刻檄榜明四川总镇总兵：郑嘉栋、明翟塘卫镇抚使：张应元、明夔州府左参将：汪云凤，从夔州府云阳县出发。
而明湖广总镇监军：万元吉，则让明援剿总兵：贺人龙、明陕西总镇总兵：李国奇，从官道走云阳县尖山巡检司，以拦截夔州府奉节县内的流寇。
夔州府后山险隘，而且流寇七位首领连营数万人，在林间居住不比营帐舒服，再加上酷暑，马匹汗臭传至数十里，蚊虫叮咬农民军，致使人马生病。
不得已流寇将领们觉得得分道西行。
由农民军：曹操（罗汝才）率领；小秦王、上天王、混世王（马光玉）、一连莺，这五营走夔州府云阳县尖山巡检司。
而流寇：过天星（惠登相）、关索（刘正国），二营走云阳县水碓口守御百户所，决定出去之后，在夔州府开县、新宁县，一带集合。
紧接着，明援剿总兵出击追贼到谭家坪七箐坎，流寇留下精锐死士作为殿后主力抵抗明军，但被陕西明军给打垮了。
明援剿总兵还继续追击，翻山越岭斩杀部分逃跑流寇。
6月14日，明援剿总兵杀到敌营内，正在用膳休息的流寇们疲惫不堪，陕西明军三路并进，让流寇们大惊失色。
四川明军们也趁机扑了上来，各营开始争抢人头，斩杀流寇一千二百人、俘虏六百人，赦免俘虏降将：一杆枪、自来虎、伍林，三人纳入明军隶为先锋。