企图将水门吸去异空间，但被水门用飞雷神之术躲过，随后水门来到另一个战场，带土使用神威来到水门的面前，随后二人展开对决。
带土手持锁链企图抓住水门，但被水门再次用飞雷神躲过，带土企图攻击水门，自以为得手的时候，水门通过飞雷神二段使用螺旋丸打伤带土。
紧接着，带土被水门并解除了对九尾的控制，带土留下忠告并离开村子，最后水门与玖辛奈不幸牺牲，九尾事件就此结束。
保护火影
尽管四代火影成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大，紧接着木叶高层与村中的忍者们一起讨论着选择合适的火影继承人。
在会议中，奈良鹿久提出由水门的后一代忍者继位，但转寝小春认为他们的经验还不足以领导众人。
此时猿飞日斩挺身而出，自愿担此重任，随后得到了木叶高层水户门炎、转寝小春等众人的支持。
团藏怀恨在心，他仍旧想要夺取村子的控制权，之后团藏利用卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。
卡卡西陷入了困境，后来卡卡西通过与三代火影的谈话消除了心中的疑惑，也因此使卡卡西明白了团藏的阴谋诡计。
三代火影召集了全体暗部忍者，三代火影从他们之中，挑选了几个精英忍者作为护卫。
陪同三代火影前往大名府接受任命。为了三代火影的安全，由卡卡西变化为三代火影的模样。
而团藏趁日斩前往大名府的途中让部下们迅速杀死日斩，在战斗中，根的暗部忍者天藏使用木遁之术贯穿三代火影的身体。
紧接着，三代火影用替身术躲过，紧接着，站在树上的卡卡西使用雷切接连摧毁了天藏的木遁树枝。
原本卡卡西能够杀死天藏，但考虑到天藏的木遁忍术以后可能会对村子有所帮助而放过了天藏。
而此时自认为，杀死日斩计划成功的团藏高兴的坐在火影的座位上。
然而，办公室传来了一句:
“抱歉，我还没打算将位置让给别人。”
听到三代火影的声音，团藏无比震惊，日斩直呼团藏是不是没想到他还活着。
团藏紧张的说没有，并声称自己只是帮助日斩管理政务。
日斩念在团藏是自己多年的战友的份上，原谅了团藏，并希望团藏能够为木叶尽心尽力。
因此团藏再度企图争夺火影之位的想法也就此落空。
猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影。
随后，卡卡西发现了团藏直属暗部-根中存在会使用木遁的忍者，年龄符合之前木叶失踪的一批儿童。
在卡卡西潜入火影办公室查阅资料时被三代火影发现，三代火影告诉卡卡西，曾经初代火影柱间在与宇智波斑的激战中，使用木遁秘术zhì fú了九尾。
但是在他之后没有人继承此术，要想zhì fú尾兽，写轮眼或木遁必不可少，于是，木叶村开始倾尽全村之力为复活初代木遁秘术而做起研究。
然而，在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被视为禁术并封印了起来。