梅之焕从托克逊返回吐鲁番安乐城之前，同此次出兵的几位卫拉特首领会了面，固始汗的深思熟虑和巴图尔珲台吉的豪爽热忱都给他留下了极为深刻的印象。
对于接下来追击阿布都拉哈汗的残军，并一气打通库尔勒到阿克苏的通道，和喀什噶尔的叶尔羌汗会师的作战任务，梅之焕便将之交给了固始汗和巴图尔珲台吉率领的卫拉特部。
而明军只是让樊一蘅、丁国栋率领了2000甘州及哈密自卫军混杂的骑兵，跟随卫拉特部南下作战。至于第二十一师团，则驻扎在了托克逊及安乐城之间的绿洲上。
托克逊城一战，不仅击溃了叶尔羌东部可汗麾下最强大的军队，同样也震慑到了在旁观战的卫拉特部。巴图尔珲台吉更为坚定的相信了那些俄国人向他诉说的，来说服那些黑山派信徒改宗。
但是他们很快发现，用言辞来说服这些愚昧的信徒，倒不如用刀剑更为快捷。这场针对黑山派信徒的清洗，足足持续了近一个月，还是阿尔斯兰和孟乔芳看不下去，把部队从叶尔羌叫了回来，清洗才渐渐停息下来。
叶尔羌城的人口，因为这场清洗足足少了四分之一。而那些黑山派教士及叶尔羌伯克们的财富，则大多流入了叶尔羌汗及其亲信，还有明军手中。
这场屠杀虽然让叶尔羌汗掌握住了叶尔羌地区的权力，但是也令黑山派信徒及一些伯克们对于叶尔羌汗和白山派教士充满了仇恨，这些人或是逃亡到了撒马尔罕去，或是干脆投效了明军，以保全自己。
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