南明弘光元年五月，朱聿键赴平乐途中，在苏州闻清军已破南京，遂至嘉兴避难。六月辛酉，朱聿键至杭州，遇潞王朱常淓，奏请其监国，不听；请朝陈方略，不允。当时镇江总兵官郑鸿逵、户部郎中苏观生至杭州，与朱聿键谈及国难，泣下沾襟。后朱聿键被郑鸿逵护送，前往福建。途中在浙江衢州闻得潞王朱常淓已在杭州降清，于是南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等商议奉朱聿键为监国。
南明弘光元年六月二十八日，朱聿键在福建建宁称监国。闰六月初七至福州，以南安伯府为行宫。闰六月初八，朱聿键于福州称帝，宣布从七月初一起改弘光年号为隆武元年。改福建布政司称福京，改福州行在为天兴府，改布政司为行殿，建行在太庙、社稷及唐国宗庙。升郑芝龙为平虏侯、郑鸿逵为定虏侯，封郑芝豹为澄济伯、郑彩为永胜伯。以黄道周为吏部尚书、武英殿大学士，蒋德璟为户部尚书、文渊阁大学士，朱继祚为礼部尚书、东阁大学士，曾樱为工部尚书、东阁大学士，黄鸣俊、李光春、苏观生等人为礼、兵各部左右侍郎兼东阁大学士。
其实朱聿键本人具备明君的一切特征，朱聿键长期生活在监狱里，基本上好日子没过过。他十分清楚大明王朝的症结在哪里。所以当皇帝以后发布了很多减轻农民负担，惩治贪官污吏的法令，还都取得了不错的效果，还有一事是当时南直隶满清推行剃头令，大量的难民为了活命被迫剃头，而当时满清统治不稳固，南直隶和浙江的一些府县易手多次。这些普通的农民算是倒了大霉，不剃头清军要杀，剃了头明军来了还要杀。朱聿键上台后颁布法令，说不剃头的是臣民，剃头的是难民，都是我大明的子民，这样才制止住对百姓的屠杀。
但是朱聿键可悲在他没有一只完全听命于自己的军队，当时福建所有军队都是郑家的，湖广江西的明军都听何腾蛟的，朱聿键很多命令到他们手上都变成一纸空文，这样还想中兴大明？实在可笑。
在七月份浙东被清军攻克，鲁王政权灭亡，鲁王朱以海不知所终，当消息传到福州的时候朱聿键第一时间找到郑芝龙，让他带兵北上抗清。可是郑芝龙害怕自己的实力受损失，竟然放弃闽浙咽喉仙霞关，带领军队逃回自己的老巢安平。这个时候满清已经看到南明各支军队没有什么抵抗意志，在洪承畴的建议下，派出了多路劝降使节，分别赶往湖广、江西、福建，准备和平解决南明各势力。
派到福建的是招抚福建御史黄熙胤，算是郑芝龙的老乡。唐王朱聿键已经发现郑芝龙不听使唤，知道再留在福州不安全，带领一些心腹文人连夜逃往延平。
郑芝龙发现皇帝跑了更加坚定他投降满清的决心，在自己儿子郑森苦劝无果下，郑芝龙只带了十几个人北上仙霞关，投降了满清，在十二年后，郑芝龙及其子孙家眷十一人被清廷杀于北京菜市口，郑氏在北京老少无遗。
唐王朱聿键逃到延平后，给各省下诏书调兵来勤王，可是现在湖广和江西都在和满清打仗，四川和云贵在张献忠手上，广东朱宏三那能听他的，广西的丁魁楚也阳奉阴违，各方势力那有功夫管这个空架子皇帝。
看到外无援兵内无粮草，大学士黄道周毅然站出来要变卖家产募兵北上抗清。可是黄道周一个书生，那里懂什么军事，黄道周弄了几千人马，九月十九日北上仙霞关，与清兵抗击。十月初一抵达广信，募得三个月兵粮，分兵三路，向清兵发起进攻（几千人马还要分三路，书生果然不会打仗），一路向西攻抚州，另两路北上分攻婺源、休宁，不久三路皆败。十月六日，黄道周率队向婺源出发，至童家坊，得知乐平已陷，二十四日，抵明堂里时遇伏，参将高万容逃队，于是全军崩溃。黄道周被徽州守将张天禄俘获，送至南京。
黄道周再囚车里想起来当年自己的学生陈子龙和自己说过，楚王朱宏三有大才，应该是中兴之主，南京城破的时候陈子龙来找过黄道周，让他也一起去投楚王。但是黄道周当时哪看得上那个破落奉国中尉，拒绝了陈子龙的提议。
想到这里黄道周心中说道：“人中，天下崩坏如此，希望你说的那个朱宏三真是中兴之主！”
黄道周到了南京后，清廷派使洪承畴劝降，黄道周写下这样一副对联：“史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。”将史可法与洪承畴对比。洪承畴又羞又愧，上疏请求免道周死刑，清廷不准。转过年去，黄道周在南京就义，其门人蔡春落、赖继谨、赵士超和毛玉洁同日被杀，人称“黄门四君子”。
十月二十八日，前面黄道周失败的消息传到延平，朱聿键立刻逃出延平，到汀州城外时被清军追上，他带着曾皇后和忠诚伯周之藩等躲入关帝庙。清兵在门前厉声呼喝：“朱聿键出来。”忽然，一个人手持钢刀跳出庙门，高喝“我就是隆武帝也”，挥刀杀向清兵，清兵急忙发乱箭将他射死，原来此人是周之藩，他舍身想掩护朱聿键脱险。清兵也怀疑他不是隆武帝，进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人，知朱聿键和曾皇后已从后门逃入汀州城内。清军前锋统领努山命令几百个兵士穿上明军服装，打着明军旗号，直奔城门。汀州守军以为是败退下来的明军，让清军一拥而入，俘获了朱聿键和曾皇后，并将他俩分别押入轿子送往福州。到闽江支流九溪边停下休息时，曾皇后猛然窜出轿子，哭喊一声，陛下宜殉国，妾先去了，纵身跳崖身死。朱聿键也几次想自尽，都因清兵的严密监守而未成，于是绝食而死在福州囚处。福州陷落后，阳曲王朱敏渡、松滋王朱演汉、翼城王朱弘橺、奉新王朱常涟遇害。