六月初五，满清新任知县方亨来到江阴。这个方亨来的时候带了五个满洲兵，每个人都剔着那种金钱鼠尾辫，到哪都吱哇乱叫，很能唬人。
陈明遇看到新知县来了，他也不想在做满清这个官，所以和方亨交接完后就辞官回家。到此为止，整个江阴县城还是和平交接，因为所有人都觉着只不过是新换了皇帝，还不是和以前一样？新官来了要收税收粮，农民还要交税，士人还可以做官，和前明没什么变化。
可是到了六月二十七日，知县方亨看到满城的百姓接受了新王朝的统治，他就拿出了早已经准备好的剃头令告示。
方亨让县衙里的书吏起草剃头令的告示，刚开始书吏还不知道是什么告示。当看到“留头不留发、留发不留头”这一句时，书吏愤然投笔于地下，大骂方亨“死了就死了吧，这种混蛋告示老子才不写。”
方亨最后没办法，让人拿下书吏，只有自己来写这个告示。
在方亨贴出告示的第一时间，城里几个士绅就来找过方亨，刚来时这些人还和方亨说的很客气。你看都是汉人，哪能学那帮蛮夷一样剃头呢？
可是这时候方亨小脾气上来，他感觉整个江南已经平定，江阴这地方想要闹事也闹不起来。正因为这种有恃无恐，方亨对这些乡绅破口大骂。“现在已经是新朝了，新朝就要有新气象，你们几个老王八蛋不听从朝廷令旨，不怕杀头吗？”
这几个乡绅也都是当过官的，哪里能受的了这种恶气，也纷纷骂道：“你方亨受的是儒家教育，现在却来做鞑靼人的知县，你自己不感觉羞耻吗？”方亨看他们人多势众，也害怕吃眼前亏，赶紧说好话，暂缓剃头。
这些都是方亨的缓兵之计，闰六月初一日清晨，方亨以上香为名，召集地方诸生百余人及乡绅、百姓会于文庙。众人问道：“现在江阴已尽归顺，应该没有什么事了吧？”方亨道：“只剩下剃发了。刚才所差四兵，便为押人剃发之故。”众人道：“发可以剃吗？”方亨道：“这是大清律法，不可违背。”说罢就回衙了。
诸生许用等人聚集不去，在明伦堂共同立誓道：“头可断，发决不可剃！”方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。这封密信被义民搜获，于是在初二日擒住方亨，斩杀清差,推典史陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清。
江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。其后江阴军民在陈明遇的带领下又多次打退小股清军的进攻。同时严查城中奸细，宣布有能检举、抓获奸细的人，赏银五十两。处决了私通清朝的原县令方亨以及众多出卖情报、有投敌企图的奸细，有效的遏制了江阴内部的崩溃。
闰六月二十一，清贝勒、大将博洛统重兵包围江阴城，二十四日，清军作招降书一纸，从东城外射进。江阴军民公议后，回书拒绝。清军见劝降无效，便四处捕杀城外义兵，企图断绝城内军民外援。七月初一日，开始攻城。城中严密防御，清兵箭如雨注。
陈明遇当了半辈子不入流的典史，当江阴人把拒剃抗清的领导重任交付他时，他主持了几方面的工作：奖励忠勇之士；处死方亨及其家人，以绝内应；针对清军将领刘良佐的劝降，回复了一封豪气干云的信—如果清政府坚持剃发，“纵百万临城，江阴死守之志已决，断不苟且求生也”。
陈明遇是一个有自知之明的人，他的长处是厚道，与人为善，是一个值得信赖的忠恕之人，短处则是缺乏领导才能，尤其是军事领导才能。大敌当前，他想起了另一个人—阎应元。
和陈明遇一样，阎应元也曾任过多年江阴典史。但和陈明遇的敦厚不同，阎应元身上更显出一个将才的能力。在江阴典史任上时，他曾率兵丁抵抗海盗顾三麻子数百只战舰的进攻，使其不敢再犯江阴。江阴人感其再造之恩，把他的肖像供奉于社学中。按理，像阎应元这种立下大功的小吏，朝廷应当大行褒奖，但仅把他升为广东英德县主簿。如此优秀的将才，却沉于典史这种不入流的下僚，而军国大事执掌在一帮颟顸无能的肉食者手中，明朝的灭亡，一点也不奇怪。阎离任后，由陈明遇继任江阴典史之职。
当陈明遇派人找到阎应元时，阎应元爽快地说：“如果你们听我的安排，我就同意。”众人皆表示会唯命是从。于是，阎应元率家丁四十人，在闻讯赶来相助的几千名乡兵的帮助下，杀进孤城江阴。从此，他再也没有离开过这座几十天后将陷入血泊与绝望的孤城。