功劳是帮助朱由崧即位。虽说朱常涝也是朱家人，但是如果真的朱常涝即位了，恐怕后面的唐鲁之争，唐桂之争，以及各地的亲王郡王政权就要早一年发生了（很遗憾是吧?也就早一年而已，谁让弘政权只有一年。）
三垣笔记 弘光篇开头就说了: 北都变闻，在籍钱宗伯谦益有迎潞王议，扬州郑进士元勋密语予:「予语里人解少司马学龙曰:『祸从此始矣。神宗四十八年，德泽犹系人心，岂可舍孙立侄?况应立者不立，则谁不可立?万一左良玉扶楚，郑芝龙扶益，各挟天子以令诸侯，谁禁之者?且潞王既立，置福王于何地?死之耶，抑幽之耶?是动天下之兵也，不可。』」 之后朱由崧死了，朱聿键和朱以海就开始争斗。大家都是小宗，和尚脑袋你摸得我摸不得?以至于再后来，朱聿键死后，谁该即位已经说不清了。按照兄终弟及的原则，应该是朱聿鐭。但是如果重新从朱由崧那条线开始捋，朱由崧即位的依据是，朱由检的皇子没有一个活着跑到南方来，而朱由校没有儿子（所以才轮到朱由检），所以再往前倒，朱由检和朱由校的父亲是朱常洛，朱常洛的弟弟是朱常洵，朱常洵的儿子是朱由崧，所以按辈分，朱由崧和朱由校+朱由检是堂兄弟，所以也算兄终弟及。那么朱由崧死了，应该再往前找，朱由崧的儿子也不在南方，朱由崧的弟弟也没有活着到南方。朱由崧的爹朱常洵还有个弟弟，叫朱常瀛，朱常瀛的儿子是朱由榔，朱由榔又和朱由崧+朱由检+朱由校是堂兄弟，所以他按理说应该继承顺位在朱聿鐭前面。但事情这么复杂了，所以朱聿鐭和朱由榔又开始争。 因此，马士英帮助朱由崧即位，应该说是有功劳的。
但是，为了能够赶上定策之功的班车，他联合了四镇，出卖了史可法，造成了文武失衡，武官驻地形同割据，不听朝廷控制。而朝廷为了防止他们兵变，又不敢不提供军饷。结果就是政治，经济，军事都一塌糊涂。四镇之间有矛盾，竟然也大打出手，而不是请中央裁决。朝廷为了平息事端，竟然也只能好生安抚双方。 所以，这应该算是一过。还有，马士英成功上位，成为弘光朝廷文官一号人物，但由于他跟东林、复社关系不好，甚至跟非清流的中立派文官关系都不算好，他为了培养势力，不得不偏向阉党和官场不得志者。
但是崇祯朝是明确规定逆案有关的人是不能再启用的，所以阮大铖等人就做「顺案」以报复（顺案就是有过投降大顺政权的前科的官员）。然后就有了李沾当上了都察院左都御史，张孙振当上了太仆寺卿，阮大铖当上了兵部尚书，杨维垣当上了左副都御史，王铎当上次辅等等。 甚至北来太子案都很有可能是马士英等人弄出来的，目的可能是迫害东林复社以及偏向他们的人。比如吴伟业的弟子邹漪的「明季遗闻」就说「盖士英意在姜黄辈」。姜是姜曰广，黄是黄澍。此说法虽为一家之言，但并非没有证据。根据「三垣笔记」的记载，正月高梦箕即密报朝廷（据吴伟业的「鹿樵纪闻」说是密报了马士英）发现疑似先帝皇子。然后朝廷一面派人去追，一面却在二月给朱由检的儿子们都上了谥号。然后等那个疑似皇子送到南京，朱由崧一面表示很希望他是真的太子，另一面却展开了奇怪的审问过程。上文我提到的所有因和马士英联盟而获利的人均参与了对这个疑似皇子的审问。审问过程奇怪之极，如:高梦箕曾为史可法买硫磺（硫磺是军用物资），人们怀疑他要陷害史可法，然后高就承认了皇子是假的，但是他被那个小孩骗了。这里就可以看出北来太子案应该不是如顾诚所言为东林制造的事件，因为高如果要陷害史可法，应该是造成史可法企图用假皇子之名起兵推翻朱由崧，但东林复社按照顾诚的分析是要用这个假皇子扳倒朱由崧的，然而以这种陷害的方法，等于承认了皇子是假的，怎么扳倒朱由崧?逻辑不同。所以这个事件应当不是东林所为。 再如:高梦箕把此事事先密报朝廷（甚至可能就是通知的马士英），马士英及其党羽还有朱由崧本人当然是第一个知道的，这等于是让他们先下手为强。逻辑也不通。 再如:审讯之中，杨维垣说王昺的侄孙王之明貌似太子，后来就直接说这个疑似皇子是王之明了，那个孩子最后也承认了。其中意味不说即明。 再如:王铎说自己伴读太子三年，认得太子。可实际上他只伴读太子一年时间，太子九岁后再也没见过，他如何能辨别十六岁的太子? 再如:三法司会审，张孙振这个太仆寺卿参与是因为他兼任河南道监察御史，但是在大理寺堂竟然跟都察院左都御史李沾平起平坐，引领整个审讯，连刑部尚书高俾都要看他脸色。甚至张孙振还能对审讯文件「振纵笔涂抹，手自为稿入告，皆其所拟也」。而他们急欲审问出幕后之人（或是逼迫其承认幕后有什么人?），此时因大理寺卿葛寅亮提醒张孙振，朝廷没有能力对付左良玉这些武官，张孙振才罢手。三法司会审，本应刑部尚书、左都御史、大理寺卿最大，为何刑部尚书和大理寺卿反而要看一个监察御史的脸色（左都御史脸面大，但他也是马士英的人）?而疑似皇子还没有确认是假的的时候，阮大铖等人就已经敢非常激烈而不礼貌地审讯那个孩子，此时户部侍郎何楷也仅敢小声嘟囔一句，甚至不敢正面提醒他们这重要的一点（如果那个孩子真是皇子呢？以后他们还活不活了？）。 再如:此案从始至终没有一个东林复社大佬主张这个孩子就是皇子。
因此，我认为基本可以确定，此案是马士英等人制造，或者借题发挥出的事件，目的是打击东林复社。说了这么多，意思是马士英培养势力以及搞政治*斗争，其结果是在这个风雨飘摇之时，危急存亡之秋造成举朝动荡的形式。甚至其后左良玉搞「清君侧」为名目的兵变的缘由也跟这个有关。 因此，这个也应该算是一过。