董宣武与袁崇焕全然不同的两种说法，让孙承宗头痛不已。
董宣武断然否认曾派人与女真人联系，否认了那封信的存在。但袁崇焕也的确拿出了一封信，信上的笔迹与董宣武的笔迹十分相似，或者说是惟妙惟肖，尤其是对某些字的简化，在这个时代，除了董宣武，就根本没有其他人这么写。
董宣武否认这封信是自己所写，并列举出书信中许多疑点和错误。其中一点是：就算是董宣武他习惯了简化字，但写给皇太极的一封信中充斥这么多简化字，难道就丝毫不担心皇太极看不懂，或者领会错了其中的意思？
两人之中必定有一人在说谎，至少军功上是这样。作为他的左膀右臂，他寄托了重大期望的袁崇焕，孙承宗不愿相信他在说谎。而对于董宣武，这个有良好出身，而且还有一身让人难以理解本事的弟子，孙承宗也无法想象他会要背叛大明。
经过反复的彻谈，了解情况，孙承宗认为董宣武是冤枉的，很可能是袁崇焕中了女真人的反间计。
至于军功，孙承宗更倾向于袁崇焕的说法，因为董宣武凭借三十二人的侦查排，和书也被毁去，袁崇焕坚持说那官吏已经战死在那场混战中，董宣武已经将所有的饷银私分干净，董宣武又拿不出证据证明他只不过动用了几千两饷银而已，孙承宗采信了袁崇焕的说法。
董宣武没有想到，事情竟然因为一封突然出现、子虚乌有的信，变成了这般模样。本来胜算在握的他，竟然因此而处处被人怀疑。
同时，袁崇焕不断的提及“百姓”、“伤兵”等词，闪烁的眼神似乎在警告董宣武，让董宣武怀疑袁崇焕已经压服了吴三桂，掌握住了他留在营地中的那批百姓和伤兵，并以此来要挟他。而随之而来的吴三桂的完全偏向袁崇焕的证词也似乎印证了这一点。
最终，孙承宗将军功分成了三份，袁崇焕占二分之一的军功，董宣武与吴三桂各占另外的四分之一。
而对于两军反目成仇的事，孙承宗认为袁崇焕见事不明应当承担绝大部分责任，功过相抵；董宣武迫于无奈的行动，又是客军，应不予追究。