开战之前因为分兵使得原本可以集结七艘航空母舰的南云舰队只有四艘航空母舰，除了阿留申群岛方向分走的隼鹰和龙骧之外，近藤信竹分走的瑞凤号航空母舰也是可以参加到舰队作战的，瑞凤号航空母舰也是改造而来有一些先天问题但还算是一艘比较合格的轻型航空母舰，瑞凤号航空母舰后来与瑞鹤千岁千代田三艘航空母舰参加了莱特湾海战。
但是很多时候问题的发生是很意外的，战争开战之前看起来某岛国的失败已经注定了，美军知道了某岛国主要的进攻方向，作为最主要目标的中途岛也做好了准备，美军这边兵力占优情报占优，怎么看都是一场很正常的大胜利，但是事情的发展却没有那么简单。
南云舰队毫无意外的攻击了中途岛，中途岛虽说遭到了攻击但是由于飞机都已经放出去了使得中途岛损失不是很大，这一次因为之前的兵力部署再一次出现了问题，第一波攻击中途岛的指挥官友永丈市建议南云对中途岛有必要发起第二波攻击。
要是南云舰队有七艘航空母舰第一波攻击的飞机就会多不少，这样就非常有可能一波攻击达到效果没有必要发起第二波攻击，毕竟中途岛不是珍珠港，珍珠港作为太平洋舰队的大本营不光是有强大的海军还有好几万陆军驻守，中途岛可没有珍珠港的那种防御强度，但是历史没有如果。
就在南云忠一接到友永丈市的建议准备发起第二波攻击的时候中途岛的攻击陆续到了，中途岛上可是有一百多架飞机的，这里面有鱼雷轰炸机有水平轰炸机，这些飞机分成了好几波向南云舰队发起了攻击，这里面美军第一次重大问题就此出现了。
中途岛将发现的南云舰队位置通报给了舰队自己发起了攻击，但是中途岛的飞机没有与航空母舰形成合力不说自身还是分成了好几波发起的攻击，虽说其中有一架B26轰炸机差点神风赤城但是毕竟没有什么战果相反更加坚定了南云忠一对中途岛有必要发起第二波攻击的决心。
但是就在这个时候意外发生了，日本侦察机发现了美军舰队，在十五分钟内先后向南云忠一发出了三封互相矛盾的情报，第一封电报通报了发现的舰队提到没有航空母舰，随即南云忠一发电报确认是否有航空母舰，这个时候南云忠一叫停了第二波攻击中途岛的准备，第二封电报报告好像有航空母舰，而随后另外一架侦察机发出第三封电报很确定的说没有发现航空母舰。