埃尔南多很不喜欢阿尔马格罗这种没完没了地絮絮叨叨，于是，他用手朝着阿尔马格罗很不耐烦摆了摆，说，“你别说了，说再多也没用。我可以毫不隐瞒地告诉你。你不可能逃脱罪责。你现在应该要做的是面对现实，因为你的死是注定不可避免的。”说着，便让人把他带回了监狱大牢中。
阿尔马格罗知道自己的死期将至，便开始安排后事。按皇室赐给他的地位，他有权让他的儿子接替他的官职，并任命迭戈·德阿尔瓦拉多在他儿子尚未成年期间担任省的行政官。他还把自己在秘鲁的所有财产以及与皮萨罗尚未清算的一大笔财产全部地赠予西班牙皇帝，以此来赢得西班牙国王对他儿子的保护，并对皮萨罗的阴谋进行调查。
要对阿尔马格罗处以死刑，在库斯科和利马城都引起了很大的震动与反响。过去那些控告过阿尔马格罗的人大为震惊，纷纷找到埃尔南多去说情。那位曾为保护埃尔南多的性命起到关键作用的迭戈·阿尔瓦拉多也多次找埃尔南多说情，劝他放过阿尔马格罗一马。可是，没有任何人的话可以改变这位司令官的决心。
为了在处决阿尔马格罗时避免发生意外，埃尔南多将处决地从印加广场改为在监狱里，并在监狱前与广场上布置了大量的士兵进行警戒。大概到了晌午时分，刽子手和牧师秘密地来到了监狱。在这位七十岁的老人的忏悔与行过圣礼之后，便被处于绞刑。根据命令，他的头被从身子上割了下来，运到印加广场上示众。一位传令官在广场上大声地宣读着他的种种罪行。之后，他那鲜血淋淋的遗体被他的一名下级军官衣物包裹着，带回了自己家，并在第二天安葬在教堂的墓地里。
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