之后音忍四人众来找寻佐助更向他攻击，临走的时候跟佐助说如果想得到力量就来找大蛇丸，此话一直在佐助心中。卡卡西的一番话并未真正令佐助茅塞顿开。为了追寻强大的力量，佐助决定跟随音忍四人众叛离木叶隐村。
鹿丸四人小队和前去追，鸣人和佐助苦战也没有成功将他带回，佐助开启了大蛇丸的力量击倒鸣人后离开。纲手向卡卡西下达了s级任务，但是被卡卡西拒绝并表示这次是认真的。卡卡西赶到终结之谷时，佐助跟鸣人间之战斗已完结，只剩下鸣人倒卧在地上；他唯有把鸣人先带回村里医治，再行打算。
……
组织晓捉去了拥有一尾力量的人柱力五代目风影我爱罗。砂忍向木叶求援，木叶派出卡卡西班，砂隐的千代婆婆其后加入一同。五代目火影纲手再派出凯班作增援，两班分别在途中遇上‘晓’的成员宇智波鼬和鬼鲛（实质上只是幻化成的替身，力量只有主体的三成）。后来与鸣人合作，及鸣人使出螺旋丸加强版--大玉螺旋丸，将宇智波鼬的替身击败。之后再遇上“晓”的成员地达罗及赤砂蝎，迪达拉以我爱罗的尸体，把性格冲动的鸣人引开。为了避免鸣人独自行动，他从后追赶鸣人，留下小樱及千代奶奶暂时应付赤砂蝎。为了节省时间，卡卡西开启了万花筒写轮眼。但是此时卡卡西对他新的写轮眼还不熟悉，还不能熟练的控制结界空间的位置和大小，瞳术打偏到了迪达拉的右手上，而且卡卡西在体力方面亦明显不能支撑这种术，很快就感到疲惫。掉下巨鸟的迪达拉分出分身，欲把他们全部炸死，卡卡西又用万花筒写轮眼把他和爆炸一起转移到了另一个空间。由于连续使用两次万花筒写轮眼，卡卡西需要一段时间休息。期间由来自暗部的天藏（化名大和）暂代七班的队长。
猿飞阿斯玛在对决晓不死组合飞段、角都时阵亡，第十班矢志为老师复仇。卡卡西主动请缨，暂作为第十班的队长，去寻找飞段、角都。甫一对战，卡卡西便用写轮眼看出了角都的土属性结印并以雷切破了其土遁硬化术并刺穿其心脏。谁知对方拥有多个从其他忍者抢来的心脏（连同本体的共五个）故能不死。并且角都能使用心脏所属属性的忍术。后飞段去攻击卡卡西，角都在后面攻击，企图利用飞段的不死之身将卡卡西消灭，所幸被卡卡西躲开。后卡卡西发动双手雷切替第十班成员挡去了角都的伪暗。这时候局面以一敌二，非常不利……连续的消耗使卡卡西喘不过气来；不过，最令卡卡西惊讶的，就是角都居然曾经跟初代火影对战过。
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这时角都欲以卡卡西的心脏填补被雷切击破的心脏。面对近前的风火遁攻击，卡卡西用水阵壁抵挡，但风火克水；趁卡卡西不备，角都用“地怨虞”将他缚住，准备强行用血管挖出卡卡西的心脏。然而，卡卡西在之前就取得了角都的血液并把它交给鹿丸，飞段被鹿丸所骗误用角都的血液施行咒术，角都心脏被破倒地。但角都却突然全身的血管伸出，把卡卡西他们重重捆著，情况不利。卡卡西欲使出万花筒，这时大和及时和鸣人等赶到，最后角都被鸣人的风遁螺旋手里剑击倒。最后，卡卡西以雷切收拾倒在地上、动弹不得的角都，摧毁他最后一个心脏，及把角都的尸首带回木叶村给纲手研究。