而卡卡西每每迟到几个小时的理由也是因为去慰灵碑前看望带土。 神无毗桥之战，这一天，木叶产生了两名拥有写轮眼的英雄，其中一人的名字被刻在了慰灵碑上，另一个就是在忍界赫赫有名的“复制忍者卡卡西”。在神无毗桥之战后不久，卡卡西和琳就遭遇到雾忍的袭击，当时体内已经被雾忍们植入三尾的琳为了保护木叶不受三尾的袭击而选择死在卡卡西的雷切之下。卡卡西则由于先后失去带土和琳这两位同伴而大受打击，身体和精神都受到连续不断的噩梦折磨。身为卡卡西曾经老师的波风水门为了让卡卡西摆脱这种状态而请求他加入暗部，卡卡西也自此开始了他的暗部生涯。
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一进入暗部的卡卡西被水门安排看护正在妊娠期的漩涡玖辛奈，卡卡西游刃有余的完成了任务（其实是水门和三代火影商量好为了消除卡卡西心中的黑暗）。直到漩涡鸣人出生，水门为保护村子而牺牲为止。
水门死后三代目火影重新担任了火影一职，而志村团藏为了夺取村子的控制权利用了卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。卡卡西陷入了困境，然而卡卡西跟三代火影的谈话消除了心中的疑惑。志村团藏打算在三代火影前往火之国首都接受任命的途中了解他的性命，卡卡西中途背叛了团藏使得三代得以幸免。三代火影出于大局考虑赦免了团藏的过错。
在前几次的行动中卡卡西发现了团藏直属暗部-根中存在会使用木遁的忍者，年龄符合之前木叶失踪的一批儿童。在卡卡西潜入火影办公室查阅资料时被三代火影发现，三代对卡卡西讲述了这一切的来龙去脉，并告诉卡卡西切勿轻举妄动。
经过一连串的事件以后，大蛇丸的人体实验暴露，但是面对曾经自己最优秀的学生，三代火影无法痛下杀手，让大蛇丸逃脱，但重伤了大蛇丸。三代目指示暗部一定要将大蛇丸带回木叶，一旦大蛇丸叛逃敌国将会对木叶造成巨大的损失，卡卡西受命前往寻找大蛇丸。与此同时团藏表面上与三代目火影“合作”，实则为了帮助大蛇丸逃脱木叶的追杀，于是团藏派出了“甲”前往秘密据点。
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卡卡西误闯秘密据点被据点的人抓住，但甲暗中救了卡卡西一命，当卡卡西再度回到据点时，秘密据点的人已经全部被大蛇丸杀死，自己跟大蛇丸展开了战斗。大蛇丸自知再战下去对自己不利便撤退了，卡卡西对甲和据点唯一幸存的人说“我从来没有来到过这里，也没有见到任何人，更没有发现大蛇丸”，便离开了他们。
志村团藏的右眼是写轮眼，由于多次使用已经接近失明，而宇智波一族拥有写轮眼的成员又很难下手，故团藏决定夺取卡卡西的写轮眼。之后团藏假借任务为由使甲和卡卡西一同探查大蛇丸秘密据点。甲对卡卡西露出杀意时被卡卡西察觉并被反制，经过与卡卡西的一番对话之后甲消除了对卡卡西的疑惑。这时据点内白磷大蛇复活，卡卡西拼命保护甲，最后失去了知觉，但甲并没有夺取卡卡西的写轮眼而是背叛了团藏。最后卡卡西面见三代火影，将甲从根调离而分配到了暗部卡卡西所在的一组，甲恢复了原名天藏。