这样一来，普鲁士只争取到梅克伦堡-什未林大公国和梅克伦堡-施特雷利茨大公国（两者毗邻勃兰登堡，军事与政治实力非常弱），还有国外的意大利。
而与此同时，社会和政治界中开始出现了反对普鲁士强权手段的声音。反对方遍及德意志各邦的城市委员会、支持统一的自由派议员、以及那些看重统一能
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带来丰厚利益的大小商会，它们反对普奥之间发生战事：双方的任何冲突不会带来利益，只会让各邦王室渔翁得利。民意观点也趋向于反对由普鲁士主导的体制。莱茵河沿岸信奉天主教的民众，尤其是那些生活在科隆等大城市和人口密集的鲁尔河谷地带的居民，仍继续支持奥地利。
到1866年春末，绝大多数重要邦国都开始反对普鲁士以武力重组邦联的努力。普鲁士内阁始终认为只有靠以军事为首的硬实力才能使德意志统一。而与此相反的是，法兰克福议会中的自由派却笃信统一仍可由各方坐下来商议来实现。
虽然不少德意志邦国最初偏向奥地利，但在面对普军时它们却都采取守势，没能对普军作多少有效抵抗。实际援助奥地利的只有萨克森。
法国曾对奥地利承诺会适时给予某种形式的帮助，但事实上，法国的帮助不仅太晚，且力度也非常有限。使局势对奥地利更为不利的，是奥南部边境上意大利的进犯，奥地利不得不抽调兵力赶往威内托至亚得里亚海，与意大利爆发第三次意大利独立战争。在普鲁士方面，通过克尼格雷茨战役，普军取得了辉煌的胜利。
要阻止俄国介入冲突去支援奥地利，能否快速停战就显得非常关键。
普鲁士通过战争，相继吞并了汉诺威、黑森-卡塞尔市、拿骚公国和法兰克福。黑森大公国失去了部分领地，但尚未丧失主权。美因河以南的三邦（巴登、符腾堡和巴伐利亚）各自与普鲁士签订条约，支付赔款，同时被纳入普鲁士的势力范围。普鲁士将势力范围组建北德意志邦联，并将奥地利及其盟邦排除在外。
从此，奥地利再也无法继续影响德意志诸邦，转而将注意力投向巴尔干。
1867年，奥地利皇帝弗兰茨·约瑟夫一世与匈牙利达成一致，给予匈牙利王室同等地位与一定自治权之后，建立起共主邦联形式的奥匈帝国。
奥地利与普鲁士签订《布拉格条约》，象征普奥战争结束。条约中对奥地利算是给予宽大处理，奥地利也大幅度调整其与新生的意大利之间的关系。虽然奥军在战场上大胜意军，但基于普意战前达成的承诺，条约规定奥地利将威内托割让予意大利。
实际操作中，奥地利先将威内托让给法国，然后由法国转交给意大利。法国对奥地利的遭遇表示同情，加上普鲁士全盘否认战前作出的承诺（1865年9月在比亚里茨的一次会议上，俾斯麦曾经向拿破仑三世明言，法国若能在普奥战争期间保持中立，那作为回报，普鲁士会默许法国吞并普法两国之间比利时和卢森堡的部分领土），导致了对普鲁士的反感态度在法国蔓延。
奥地利战败后，北德意志邦联拥有自己的宪法、国旗和政府行政机构。普鲁士通过军事打击制服了奥地利，尽管如此，虽说这样一来奥地利对诸邦的影响是去除了，但同时也无可挽回地造成了泛德意志统一势力的分裂。大多数德意志邦国对普鲁士的强权政治开始持反感态度。
截至1870年，欧洲政界普遍从普奥战争中得出了三点教训：首先，旧有的联盟和1815年划分的势力范围很脆弱，一个强大的邦国凭借自身的军事实力就能发起挑战；其次，通过巧妙地运用外交手段，制造出使对方倍感不利的氛围，引诱对方率先宣战，然后便以外部侵略的受害者身份，谋求联盟其他诸邦的帮助，合力对付对手；最后，普鲁士的军事实力已经远超奥地利，各邦普遍承认只有普鲁士才能保护它们免受外部势力的干涉或威胁。
在1866年，绝大部分的中等规模邦国都还抵制普鲁士；可到了1870年，这些邦国不是被强迫，就是被哄骗着加入普鲁士主导的协防联盟。一旦欧洲外部势力对联盟中某邦宣战，所有其他成员都将协助组织防御。经这一手对欧洲事务的巧妙操纵之后，俾斯麦制造出了对法国十分不利的局面，接下来法国成了德意志眼中的侵略者，而普鲁士俨然扮演德意志权利与自由的捍卫者角色。
“俾斯麦的手段真的很厉害。”洁格格由衷的赞叹道，并且有些担心，“那陛下能应对这么强大的政治家吗？”