随着针对新领域合作初期问题所采取的各项解决措施逐步落实并发挥作用，联合探索舰队与其他宇宙文明在星际能源探索、星际生态保护以及星际文化交流等领域的合作不断深化，迎来了令人瞩目的中期成果，然而，在取得进展的同时，新的挑战也随之浮现，考验着各方进一步合作的智慧与能力。
在星际能源探索领域，经过对能源探测技术兼容性问题的解决以及安全保障机制、星际物流网络的优化，能源开发项目进展顺利，取得了更为显着的中期成果。
在多个星系中，成功开发利用了数种新型能源，极大地丰富了宇宙文明的能源储备结构。以之前发现的高能磁能资源为例，通过统一的探测技术标准和数据校准机制，后续又在其他类似区域精准探测到了更多此类能源聚集点，使得可开发的资源量大幅增加。而且，优化后的能源开发系统在能量操控技术与安全防护机制的双重保障下，实现了稳定且高效的能源转换与采集。其转换效率较初期提升了近百分之三十，能源供应的稳定性也达到了前所未有的高度，不仅满足了周边星际设施的日常运行需求，还为一些大型星际探索项目提供了充足的动力支持，有力推动了宇宙文明对更遥远星系的探索进程。
同时，星际物流网络的高效运作确保了物资和人员的及时调配，使得能源开发项目的规模得以进一步扩大。原本一些因距离遥远、运输困难而搁置的开发计划，如今都能顺利开展，新的能源开发站点如雨后春笋般在宇宙各处建立起来。
然而，新的挑战也随之而来。随着能源开发规模的扩大，对宇宙环境的影响逐渐显现出来。部分能源开发区域周边的星际磁场、引力场等发生了微妙变化，这不仅影响了周边天体的运行轨迹，还对一些依靠稳定磁场环境生存的星际生物造成了潜在威胁。此外，能源开发过程中产生的废弃物和能量残留，若处理不当，可能会引发局部的星际空间污染，对后续的星际航行和其他宇宙活动产生不利影响。如何在保障能源开发的同时，最大程度地降低对宇宙环境的负面影响，成为了亟待解决的新问题。
在星际生态保护领域，通过对生态修复技术的改进以及平衡生态修复与文明发展关系的有效举措，多个星球的生态修复项目取得了阶段性的重大成果。