杨肇基有句话说的没错，总兵至始至终都是差遣官，卫所制荒废后，募兵兴起，却是卫所制和营兵制并行，军队没有明晰的垂直体系。
大明营兵制始终处在不成熟状态，尽管不断发展，不断调整，可惜始终未能成功。
还是松锦之战，曹变蛟为东协总兵，东协负责山海、石门、燕河、建昌四路，马科为山海关总兵，彼此军队却互不统属。
清朝，绿营兵制则是对明代营兵制的直接继承，彻底摆脱卫所的掣肘。
思索良久，朱由校本欲效仿绿营制施行养兵制，奈何朝廷没有改变存留起运银分配模式，即使户部，内帑现银不少，但招架不住百万大军，动辄数千万的军饷。
所以，他打消这个念头。
朱由校揉了揉鬓角，抬头挺胸端坐，轻咳两声停止百官讨论，掷地有声说：“朕计划废都指挥使，改为提督，将总兵和都指挥使互不隶属，改为总兵隶属提督。提督，总兵，皆为常设官。
因总兵所辖的君镇大小，重要程度各不相同，故而兵力不做平均分配。
九边军镇的总兵，每人统帅六到十个卫，独立领三到五个卫，在能战的军户内选兵，骑兵拔于步战兵，步战兵拔于守兵，守兵拔于余丁，无余丁乃募于民。
总兵下设两名副总兵，四名参将，八个游击，十六个都司，都司都为营军官，步军营，骑兵营人数为满员千户所，火器营满员千五百人。
不重要的镇，总兵统领一卫或一所。
同时，提督以下将领只有统兵权，而无调兵权，兵权归于朝廷，提督军令受巡抚节制，巡抚有直属亲卫，以陕西为例，陕西巡抚控西安四卫。”
“当前，提督为从一品，统帅所属卫所官兵，为一省卫所最高级军官，总兵因其领兵不同，品阶为正五品到正二品。
另设，外海﹑内河﹑长江﹑福建﹑广东水师亦设提督，隶属三大水师。凡水陆提督统辖所属官兵﹐各司其职﹐分防要地﹐或游弋巡哨﹐修整武备﹐皆受枢密院大总督节制。”
朱由校道出自己的建议，目光灼灼望向文武百官。
顷刻，百官好似沸腾的开水炸锅了。
皇帝采纳百官建议，扩大总兵领兵人数，但步子迈得太大，若某位总兵领十卫，则控五万四千名兵勇，独立领五个卫，则是两万七千兵勇。
这还好，其受巡抚节制。
然而，三边总督呢。
三边总督控制延绥、宁夏、甘州和固原四大军镇，各镇总兵，各地巡抚均受其节制。
受其节制的各路兵马超过三十万，失去控制很容易养虎为患。
孙承宗神色着急，作揖直言进谏：“陛下安排臣基本无异议，然延绥、宁夏、甘州和固原受三边总督节制，其统领的军队是否太多，万一形成地方割据，朝廷尾大难处，望陛下三思，谋定而后动，加强对三边总督限制。”