12月10日至12日,日本轰炸马尼拉湾的甲米地和苏比克湾的乌朗牙坡海军基地,炸沉美舰艇4艘，12月17日,美国把在菲律宾仅剩下的17架b—17型轰炸机全部撤到澳大利亚。从此,日军完全掌握了制空、制海权。
12月22日拂晓,日军第14军的名士兵开向马尼拉以北120英里林加延湾的海滩，另一支日本两栖部队袭击马尼拉东南70海里的吕宋岛拉摩湾，两路日军像两把钳口,向菲律宾首都逼近。
1942年1月2日，日军攻占马尼拉，美军及菲律宾军人全都挤进了巴丹,由于给养、弹药和药品的缺乏美菲联军部队士气低落。
3月10日，美国根本没有做好战争准备，又把欧洲战场作为主要支援方向，不仅无法增援菲律宾、就连补给也跟不上，总统为了不让美军上将成为日军俘虏，电召麦克阿瑟去澳大利亚,他把部队委托给韦恩赖特少将后,带全家离开了菲律宾。
4月9日, 在日军的猛烈攻击下,位于巴丹的美、菲联军人，举手投降。
巴丹行军。
被俘的美军和菲律宾士兵在路上行军。从马里韦莱斯机场东面两英里的167号里程碑开始徒步行军，前往120公里以外的奥德内尔集中营。
日军不给这些战俘提供粮食和水，美军被俘前都有充足的后勤供应，菲律宾士兵被俘前就得不到充足的饮食供应，只能捕食田鼠、蜥蜴等充饥，结果感染了各种热带传染病，部队里登革热、疟疾横行，哪儿还走得动，残暴的日军可不管这些，只要走不动就会遭到日军刺死、枪杀和虐待，在这场行军中约美菲联军死亡。
史称“巴丹死亡行军”。
5月初,韦恩赖特将军指挥的部队，被日军逼退到科雷奇多的马灵达隧道里,坚守到5月6日,不得不向日军投降，至此,整个菲律宾全部陷落。
美国。
美菲联军根本没有打一场像样的战斗，在日军的进攻下、步步后退，完全没有一个军事强国该有的样子，被美国一贯看不起的日本打的大败亏输、毫无还手之力，让美国在全世界面前丢了脸。
这怎么行？
之前被美国情报部门束之高阁的军统情报、被福原正彦翻了出来，他借着“丹巴行军”中，有大量美菲联军士兵身患登革热、疟疾，根本无法行军，再佐以中国军统局提供的日军在泉阳设立的“帝国海军第九特种战研究所”的存在，做出了一个判断：
日军在菲律宾无耻的使用了细菌战、生化战武器！
美军高层接受了这个论断，美国媒体铺天盖地的对“日军无耻在菲律宾使用细菌战、生化战武器摧残美菲联军，致使美菲联军感染登革热、疟疾，从而丧失了战斗力”进行了铺天盖地的宣传，让美国人对日本的仇恨程度、超过了日本偷袭珍珠港，从而把愤怒发泄到了美国日裔身上。
为了顺应民意，美国总统罗斯福签署了着名的第9066号行政命令：
授权陆军部在国内最贫瘠荒芜的地方划定“军事区”，可以不让“任何人或者一切人”进入这些地区，“这些地区”，就是专门给日裔侨民划定的聚居区。
第9066号行政命令一共遣送了12万日裔美国人进入这些日裔自己修建的“集中营”。
福原正彦为美军挽回了颜面，被晋升为少校，因为其日裔的身份，上级决定派福原正彦前往中国，在军统的协助下，对日军第九特种战研究所进行秘密调查，想办法予以摧毁。