西方传教士刚到中国之时，并不被接纳，只能装成印度来的和尚住在寺庙里面。
结果，新任两广总督发现了这些假和尚，将其赶离肇庆。
历初年，耶稣会士之中有远见卓识的人开始意识到，天主教如果不本土化，不融入当地的文化体系，是很难在中国传播开的，因此当时的耶稣会士范里安就提出了在华传教士必须“中国化”。
何谓“中国化”呢？
即学习中国的语言文字，学习中国文化，不再穿着教袍布道而是穿中国人的宽袍大袖，遵从中国人的生活方式等等，总之就是让自己彻底融入中国，成为一个中国人。
而他的学生利玛窦，更进一步，开始蓄起了胡子，把头发留到齐耳，穿上儒生的服装，变成了一个“洋儒生”。研读儒家经典《四书》，并翻译成了拉丁文。
并开始走士大夫路线，利玛窦很成功，他被任命为耶稣会中国传教团监督，全权处理中国事务。
但想要扩大天主教的影响力，最重要的是说服皇帝，他为此准备了大量新奇的礼物，如耶稣像、圣母像、万国图、时钟、玻璃器皿等送进宫内。
但已经多年不上朝，也懒得见这个洋和尚，但但对送进来的物件非常感兴趣。于是，利玛窦获准在北京居住，进行传教。
利玛窦在宣武门内大街修建了天主教堂，并借此吸收了徐光启、李之藻、杨廷筠等朝廷重臣。
天主教的传教事业如火如荼之时，在万历四十四年发生了南京教案事件。
在利玛窦领导下，这些西方修士入乡随俗，脱下僧袍，换上儒服，并潜心研究中国经史和伦理，寻找其中东西方文化的融合点。
这就是利玛窦开创的利氏的传教路线。
但在利玛窦死后，有些狂热的传教士们，认为利玛窦过于迁就中国人，影响了天主教的“纯正性”，发展教徒速度太慢。在利玛窦去世之后，开始改变利氏的传教路线，采取激进式的传教方式，坚决排斥儒家思想，严禁中国教民祭天、祭祖、拜孔子。这让百姓和官员顿时忍不了了。
南京礼部侍郎沈?三次上疏控告传教士，沈?《参远夷疏》中，强调中国以儒术御世，自太祖高皇帝以来，严夷夏之防。他还把天主教背后所谓“大西”政权列为与“大明”政权相抗衡的敌对势力。他之所以要驱逐这些天主教徒，主要在于：不尊中国风俗；破坏中国纲纪；劝人不忠不孝；施舍钱财收买人心等。
沈?前两封上疏，皇帝都没有反应，加上有徐光启为传教士辩护，事情就不了了之。
但事情闹得越来越大，更多的官员也支持沈?，加上发现传教士每年托人从国外运送经费上千两。南京官员怀疑这些钱是为了贿赂官员。
朝廷最后下令“禁教”，根据“左道乱正之术，或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，煽惑人民”等罪名，做出“为首者绞，为从者各杖一百，流三千里”等的惩罚。
一些传教士被驱逐到澳门。他们所建立的教堂被拆毁，一些墓地也遭到破坏。
但这些人已经足够幸运了，和日本德川幕府大肆羞辱、屠杀（包括火刑、斩首等）外籍和本国天主教徒相比，大明朝廷已经仁至义尽了。
但在数年后，教案就平静了，那些传教士改名换姓，又跑回来传教了。
几人正说话之间，徐光启快步走了进来，他明显与两个传教士十分相熟。
“约翰！弗塔多！很高兴能在这里见到你们！”
邓玉函道：“保禄，我也很高兴能够见到你！”
徐光启与他们分别拥抱之后，才介绍道：“这位是我的学生陆延，字继之，之前我与你们在信中提过的。”