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《我们仍未知道那天所看见的花的名字》剧情并不复杂，主线脉络可谓清晰简洁。
六位青梅竹马的童年小伙伴为了守护世界和平，组成了“超和平bters”，把山里的一间小屋作为秘密基地，平时的多数活动便在秘密基地里展开。
直到某一天，女主角本间芽衣子意外落水身亡，超和平bters随之解散。
男主角宿海仁太不愿与人接触并拒绝上学，打扮时髦的安城鸣子有点小太妹倾向，松雪集和鹤见知利子以优异成绩考进重点中学，久川铁道放弃读高中到处旅行。
昔日的童年伙伴渐行渐远，彼此间产生了明显的隔阂。
五年后的夏天，事故中死亡的芽衣子出现在了仁太的面前，以一种类似于幽灵的形态。