明清时代的大成门为五间,两侧为耳房,供执事人等休息之用,中为三门,门内陈列戟,东设鼓,西置磬,每逢朔望朝圣和春秋祭典,府县官员由大成门{中门}进,士子执事人等分走旁门。此门与大殿同毁于日军兵火。
1986年新建的大成门面宽三间,门内正中有汉白玉屏风,上镌刻“重修夫子庙记”,树立四块古碑,其中齐永明二年的“孔子问礼图碑”是由金陵市人民政府院内迁至此处的一块重要的碑铭。入大成门循甬道丹墀而上,便是夫子庙的主殿大成殿。现大殿是按清代同治八年{1869年}的建筑为蓝本修建的,取消了原孔庙的后墙,使之与学宫融为一体。大殿七间,高18米,重檐歇山顶。
原殿内正中为“大成至圣先师孔子之神位”牌位,两旁配享四亚圣。现殿内有孔子铜像,两旁配有孔子十二弟子汉白玉像。殿前有宽敞的露台,四周绕以石栏板,它是古时祭祀举行乐舞的地方。
殿前两侧有廊庑相连,原是供奉孔门七十二贤人和历代大儒,及存放祭器的地方。现改作碑廊,墙上镶嵌陈列当今名流的书法碑石30多块。
孔庙院墙与学宫之间,东西北三面有宽畅的通道,曾种植几百棵柏树,古木参天,郁郁苍苍。那时,在庙外的文德桥上凭栏眺望,大成殿的黄色琉璃瓦屋顶在绿荫丛中显得金碧辉煌,雄伟壮观。殿后为“明德堂”,相传匾额为南宋文天祥楷书,后由曾国藩改为篆书。
堂后为“尊经阁”,阁原为教谕讲课讲堂,楼上藏有大量儒教典籍的刻板和诸多圣贤画像。清嘉庆年间又遭战火破坏。
清同治八年{1869年}曾国藩、李鸿章二人相继重修扩建,恢复旧貌。
然而,孔庙的主要建筑均于1937年毁于日本侵略军的炮火。解放后,原学宫部分作为秦淮区人民游乐场,“名宦乡贤祠”则改为夫子庙小学;大成殿遗址辟为夫子庙广场。“”中,剩余建筑又遭破坏。1983年,政府拨款重建夫子庙古建筑群,主体建筑大致恢复旧貌。
夫子庙两侧的东西市场,原是学宫前甬道。东甬道为学宫正门,门前有坊,上书“泮宫”。坊东为明清两朝状元、榜眼、探花题名牌坊。坊西为会元、解元题名牌坊,坊的背面是武科题名牌坊。东西甬道旁,原各有三祠两署。
民国以后废科举,兴学堂,学宫遂渐衰落,祠、署分别改为学校、教育局、图书馆等,学宫甬道也成为摊贩市场,东西市场的名称便从那时开始。
现东西市场于1987年建成,总建筑面积为4400平方米,吸收了我国传统的商业街道的空间形式和尺度,采用明清时代的街市风格,以石板铺地,店铺采用“青砖黛瓦马头墙,回廊挂落花格窗”,店、庙、市、街合一,富有浓郁的地方特色。
尊经阁在明德堂后,始建于明嘉靖年间,原为上下两层各五间,清嘉庆以后曾在此设尊经书院,楼上藏书,楼下讲学。1987年重建的尊经阁高三层,187米,重檐丁字脊歇山顶,底层五间,二层、三层均为三间。底层辟为“秦淮彩灯馆”,二层为“秦淮文物古迹陈列室”,三层备有茶座,可供游人休息并眺望夫子庙全景。